Заснована школа у 1983 році. Саме в цьому році на базі Борщівської ЗОШ І – ІІІ ступенів, яка знаходилась в селі Борщі, був відкритий філіал на станції Борщі.

         У 2001 році реорганізовано у Борщівську школу-садок № 2 І – ІІІ ступеня в приміщенні дитячого садка заводу «Південремверстат». Приміщення дитячого садка було пере6обладнано під класні кімнати. На території школи створено дендропарк «Ботанічна пам’ятка природи місцевого значення «Казковий», де ростуть екзотичні рослини: павловнія, айва японська, сакура японська, церціс, гінкго, гутаперчеве дерево,магнолія, різні види спірей

         1 вересня 2014 року школа-садок була перейменована у Борщівський навчально-виховний комплекс № 2 «Загальноосвітня школа І – ІІІ – дошкільний навчальний заклад».

У 2018 році Борщівський навчально-виховний комплекс № 2 «Загальноосвітня школа І – ІІІ – дошкільний навчальний заклад»  був перейменований  в Борщівський навчально-виховний комплекс № 2 «Заклад загальної середньої освіти І – ІІІ ступенів – заклад дошкільної освіти» Куяльницької сільської ради Подільського району Одеської області.